В 1999 году Фернандо Торрес подписал свой первый контракт с клубом, и в конце сезона 1999-2000 он пробился в основной состав команды. Его следующий успехом было очень удачное выступление в Англии, на чемпионате Европы в возрасте меньше 16. Сборная Испании выиграла этот турнир, а Фернандо Торреса признали лучшим игроком. После такого успеха он стал звездой в своем родном Мадриде.

Дебют Торреса в составе Atletico de Madrid произошел на стадионе Vicente Calderon против Leganes, а первый свой гол за команду забил на следующей неделе, в игре против Albacete. В 2002 году Atletico de Madrid вернулся в высшую лигу Испании. Перевод клуба в высший дивизион не помешал Торресу забить 13 мячей за весь чемпионат, а это очень неплохой результат для молодого форварда. Фернандо Торрес является лучшим снайпером Atletico de Madrid в течение прошлых 4 сезонов. Он самый молодой игрок в своем клубе, самый молодой капитан чемпионате (он получил капитанскую повязку в 19 лет), а также самый молодой нападающий Сборной Испании.

В Ноябре 2001 года Фернандо Торрес участвовал в Чемпионате Мира в возрасте до 17 лет, который проходил в Тринидад и Тобаго. В июле 2002 года, он сыграл в Чемпионате Европе в возрасте до 19 лет в Норвегии. Испания выиграла этот турнир. Торрес был признан лучшим игроком этого турнира, а также лучшим бомбардиром. Дебют в молодежной сборной Испании произошел в 2003. А 6 сентября этого же года, Торрес дебютировал в главной национальной команде, в матче против Португалии. Первый свой гол за сборную Испании он забил в матче против Италии, 28 апреля 2004 года. 

На Чемпионате Мира 2006 в Германии шансы сборной Испании оценивались довольно высоко. Для Торреса это было первое выступление в финальной части ЧМ. Дебют выдался на редкость удачным: В первом матче против сборной Украины молодой нападающий заработал пенальти и забил очень красивый гол. Естественно он сразу привлек к себе внимание селекционеров ведущих клубов Европы. Во второй игре группового этапа Испания встречалась со сборной Туниса. Испанцы неожиданно быстро пропустили мяч в свои ворота, но это не помешало им выиграть 3:1. Торрес отметился двумя мячами. Испания обеспечила себе первое место в группе заранее, поэтому на игру против Саудовской Аравии на поле вышел второй состав сборной. Торрес вышел только на 70 минуте, заменив Жозе Антонио Рейза. В 1/16 Испания встречалась со сборной Франции. Испанцы первыми открыли счет, благодаря реализованному пенальти Давида Вильи, но французы, благодаря потрясающей игре Зидана, все-таки выиграли 3:1. Испания покидает чемпионат. Игру Торреса можно признать очень успешной, он стал одним из ведущих бомбардиров этого первенства( лучшим стал Мирослав Клозе, который отличился 5 раз), а также Торрес первым забил три мяча.